![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
Ой-вэй, йа криведко
Mar. 26th, 2020 07:50 pmhttps://ria.ru/20200326/1569162504.html
Британ
Рабочий бардак
Mar. 20th, 2020 11:42 amВ нашем медцентре смена гендиректора. Замена планировалась уже несколько недель, но никто не ожидал, что это произойдёт в середине эпидемии, когда приказ о приостановке работ ещё не подписан.
В результате все разогнанные по домам научные сотрудники вообще зависли в непонятном состоянии. :-(
Upd. С понедельника выходим на работу в обычном режиме. :-D
В результате все разогнанные по домам научные сотрудники вообще зависли в непонятном состоянии. :-(
Upd. С понедельника выходим на работу в обычном режиме. :-D
Сын вернулся из Москвы, привёз новость — гендиректор издал приказ о запрете удалённого доступа. Т.е. научных сотрудников разогнали по домам, велели работать, но запретили доступ к своим рабочим компьютерам. Что успел прихватить с работы на флешке, то твоё, пользуйся.
Стал делать сыну
Стал делать сыну
ProxyJump — встроенный в Windows OpenSSH 7.7 ругается. Полез поискать ошибку. Нашёл. Пришлось ставить Chocolatey, делать choco install openssh (приплыл OpenSSH 8.0), и с ним уже ProxyJump заработал.Тяжёлые будни молодого генетика: карантин
Mar. 19th, 2020 12:21 pmНаш медицинский центр разогнали на карантин. В первую очередь научников, конечно, а не врачей и не медсестёр. Сын сидит дома.
Заниматься генетикой из дома трудновато. Достать удалённо пробирку из холодильника, залить содержимое в анализатор… Вместо этого юноша компилирует какие-то программы для будущих работ.
Старший сисадмин сети нормальный VPN (пока) никому не дал. Говорит — пишите заявления, всё только по бумажке. А как писать заявления, если официально приказа о карантине не было, и весь карантин — один большой прогул?
Я дал юноше аккаунт на моём сервере, он теперь ходит на свои виртуалки через двойной
PS. Уехал в Москву по личным делам. Он собирался ими заняться после работы, а теперь получилось в середине дня вместо работы. :-)
Заниматься генетикой из дома трудновато. Достать удалённо пробирку из холодильника, залить содержимое в анализатор… Вместо этого юноша компилирует какие-то программы для будущих работ.
Старший сисадмин сети нормальный VPN (пока) никому не дал. Говорит — пишите заявления, всё только по бумажке. А как писать заявления, если официально приказа о карантине не было, и весь карантин — один большой прогул?
Я дал юноше аккаунт на моём сервере, он теперь ходит на свои виртуалки через двойной
ssh. Пользоваться ProxyJump я его пока не научил, наверное, сегодня вечером.PS. Уехал в Москву по личным делам. Он собирался ими заняться после работы, а теперь получилось в середине дня вместо работы. :-)
«Вопреки напрашивающемуся очевидному объяснению, дело отнюдь не в глобальном потеплении…»
https://www.bbc.com/russian/features-51590071
«Главная причина нынешней погодной аномалии - не только в России, но и в Европе и в США - в другом.
Обычно морозную погоду в Северном полушарии приносит холодный воздух из Арктики, прорываясь в низкие широты вместе с циклонами и антициклонами. Однако еще в декабре в районе полюса сложилась обширная область низкого давления, которая заперла холод на севере, не давая арктическим воздушным массам прорваться на юг.
В январе такое положение дел только закрепилось, и в итоге почти всю зиму ветры гуляли по кругу на самом севере планеты, практически не достигая обитаемых районов материка.»
https://www.bbc.com/russian/features-51590071
«Главная причина нынешней погодной аномалии - не только в России, но и в Европе и в США - в другом.
Обычно морозную погоду в Северном полушарии приносит холодный воздух из Арктики, прорываясь в низкие широты вместе с циклонами и антициклонами. Однако еще в декабре в районе полюса сложилась обширная область низкого давления, которая заперла холод на севере, не давая арктическим воздушным массам прорваться на юг.
В январе такое положение дел только закрепилось, и в итоге почти всю зиму ветры гуляли по кругу на самом севере планеты, практически не достигая обитаемых районов материка.»
Зачем в генетической лаборатории torrent-сервер? А это не тот torrent-сервер, это linux-сервер, управляющий прибором производства Ion Torrent Systems. :-)
Сервер давно не обновляли, и сейчас на сервере стоит Ubuntu lucid LTS 10.04. Ну и соответственно старый софт от прибора. Встала задача софт для прибора обновить, а он требует более новой ОС. И на сына, как наиболее разбирающегося в Линуксе :-D, повесили задачу обновить сервер.
А он, конечно, пришёл ко мне, сначала с вопросом о бэкапе. Я его научил пользоваться
Сервер давно не обновляли, и сейчас на сервере стоит Ubuntu lucid LTS 10.04. Ну и соответственно старый софт от прибора. Встала задача софт для прибора обновить, а он требует более новой ОС. И на сына, как наиболее разбирающегося в Линуксе :-D, повесили задачу обновить сервер.
А он, конечно, пришёл ко мне, сначала с вопросом о бэкапе. Я его научил пользоваться
rsync'ом. Теперь думаем, как древнюю бубунту обновить.Tags:
Холодно, холодно, тепло, холодно
Jan. 18th, 2020 02:44 pmНынешнее изменение климата оказалось умереннее предыдущего.
https://naked-science.ru/article/sci/apokalipsis-pod-voprosom-nyneshnee-izmenenie-klimata-okazalos-umerennee-predydushhego
Нынешние изменения климата не беспрецедентны в истории человечества.
https://naked-science.ru/article/sci/apokalipsis-pod-voprosom-nyneshnee-izmenenie-klimata-okazalos-umerennee-predydushhego
Нынешние изменения климата не беспрецедентны в истории человечества.
Тяжёлые будни молодого генетика
Dec. 24th, 2019 07:48 amПродолжаю. Поставил юноша GATK (Genome Analysis Toolkit) и даже сумел его запустить.
А ещё в дистрибутиве GATK (в целом написанного на Джаве) лежат дистрибутивы TensorFlow и Keras. Молекула ДНК — это 3 миллиарда нуклеотидных пар. Целиком её никто не секвенирует — нет настолько быстрых приборов. Секвенируют небольшими сегментами, миллиона по 3. Но даже получив табличку на 3 миллиона пар, никто в ней глазками отклонения не углядит. Тут-то и пригождаются Методы Анализа Больших Данных.
Беда в том, что в дистрибутиве GATK дистрибутивы TensorFlow и Keras а) старых версий, и б) несовместимых между собой. Юноша лезет в Интернет, находит нужные слова и пишет
Молекула ДНК расплетается на 2 полуспирали, нарезается на сегменты, сегменты секвенируются и последовательности нуклеотидов пишутся в файлы — каждая полуспираль в свой. Потом эти файлы склеиваются; поскольку полуспирали на секвенировании могут не полностью совпадать, то склеить 2 файла полуспиралей в один файл с двумя колонками не вполне тривиально — в каждой колонке нужно смотреть, какие нуклеотиды стоят в начале/конце цепочки, и если в другом файле их не хватает, забивать часть колонки нулями. Для этого, конечно, есть свои программы.
Потом полученный гигантский двухколоночный файл обрабатывается на предмет поиска отклонений. Поскольку сын работает в хирургической клинике, то первое, что ищется — маркеры болезней, влияющих на свёртываемость крови. В дистрибутиве GATK есть натренированная модель, ну и в каждой лаборатории её дотренировывают или перетренировывают заново на собственных чистых данных.
Для того, чтобы этот пайплайн мне объяснить, сын прочитал мне лекцию часа на полтора. Во время которой я убедился, что он уже хорошо разбирается в теме. Я восхищён!
Upd. Вспомнил из лекции: все 3 миллиарда и не нужны. За 4 с половиной миллиарда лет эволюции накопилось много мусора. Поэтому одна из задач секвенирования — нарезать молекулу ДНК на интересные сегменты, содержащие работающие (кодирующие) последовательности.
X-Post: https://phd.livejournal.com/313481.html
А ещё в дистрибутиве GATK (в целом написанного на Джаве) лежат дистрибутивы TensorFlow и Keras. Молекула ДНК — это 3 миллиарда нуклеотидных пар. Целиком её никто не секвенирует — нет настолько быстрых приборов. Секвенируют небольшими сегментами, миллиона по 3. Но даже получив табличку на 3 миллиона пар, никто в ней глазками отклонения не углядит. Тут-то и пригождаются Методы Анализа Больших Данных.
Беда в том, что в дистрибутиве GATK дистрибутивы TensorFlow и Keras а) старых версий, и б) несовместимых между собой. Юноша лезет в Интернет, находит нужные слова и пишет
pip install --upgrade tensorflow keras. И получает самые свежие версии… опять несовместимые между собой. Последний Keras всё ещё не работает с TensorFlow 2.0. Юноша опять пишет pip install -U tensorflow==1.15 и, наконец, получает работающий пайплайн.Молекула ДНК расплетается на 2 полуспирали, нарезается на сегменты, сегменты секвенируются и последовательности нуклеотидов пишутся в файлы — каждая полуспираль в свой. Потом эти файлы склеиваются; поскольку полуспирали на секвенировании могут не полностью совпадать, то склеить 2 файла полуспиралей в один файл с двумя колонками не вполне тривиально — в каждой колонке нужно смотреть, какие нуклеотиды стоят в начале/конце цепочки, и если в другом файле их не хватает, забивать часть колонки нулями. Для этого, конечно, есть свои программы.
Потом полученный гигантский двухколоночный файл обрабатывается на предмет поиска отклонений. Поскольку сын работает в хирургической клинике, то первое, что ищется — маркеры болезней, влияющих на свёртываемость крови. В дистрибутиве GATK есть натренированная модель, ну и в каждой лаборатории её дотренировывают или перетренировывают заново на собственных чистых данных.
Для того, чтобы этот пайплайн мне объяснить, сын прочитал мне лекцию часа на полтора. Во время которой я убедился, что он уже хорошо разбирается в теме. Я восхищён!
Upd. Вспомнил из лекции: все 3 миллиарда и не нужны. За 4 с половиной миллиарда лет эволюции накопилось много мусора. Поэтому одна из задач секвенирования — нарезать молекулу ДНК на интересные сегменты, содержащие работающие (кодирующие) последовательности.
X-Post: https://phd.livejournal.com/313481.html
Тяжёлые будни молодого генетика
Nov. 28th, 2019 02:13 amСын ставит в WSL программу GATK (Genome Analysis Toolkit). Она пытается создать файл FIFO и падает по невозможности её создать. Юноша находит в Сети слово FIFO и при нём упоминание
Потом нашёл — надо перемонтировать диск с опцией
Последняя ошибка, на которой он сломался, совсем примитивная. Вместо
Ну, т.е. тоже не всё, но это совсем другая история, расскажу в следующий раз! :-)
mkfifo. Попытался воспользоваться программой, чтобы создать файл самому — тоже нет.Потом нашёл — надо перемонтировать диск с опцией
metadata. Перемонтировал — опять не заработало. Он пишет мне, от него я всю историю и узнал.Последняя ошибка, на которой он сломался, совсем примитивная. Вместо
/mnt/d написал /mnd/d. А глаз уже замылился, сам не видит. Я сразу увидел, где проблемка. После чего всё заработало.Ну, т.е. тоже не всё, но это совсем другая история, расскажу в следующий раз! :-)
Про генетика (продолжение)
Sep. 27th, 2019 08:40 pmКрасивый, но медленный Compiz был заменён на Xfce. В качестве редактора —
Тема сегодняшней лекции была: почем скрипт, внутри которого меняются переменные окружения (с помощью
Взрослеет мальчик просто на глазах. Мы с женой на днях в отпуск уезжаем, а кто будет больную кошку кормить? Так он научился. Уже лучше меня еду ей в пасть вливает.
Юноша, ты меня приятно удивляешь!
gvim!Тема сегодняшней лекции была: почем скрипт, внутри которого меняются переменные окружения (с помощью
source activate, потому что conda, но это второстепенная деталь) не передаёт эти изменения в вызвавший bash.Взрослеет мальчик просто на глазах. Мы с женой на днях в отпуск уезжаем, а кто будет больную кошку кормить? Так он научился. Уже лучше меня еду ей в пасть вливает.
Юноша, ты меня приятно удивляешь!
Тяжёлые будни молодого генетика
Sep. 12th, 2019 08:52 pmПришёл ко мне сын и задал вопрос, который я никак не ожидал от него услышать. «Пап», — говорит, — «вот я каждый раз открываю терминал и каждый раз мне в
Вот, думаю, какая непростая наука генетика, а вслух спрашиваю: «Зачем тебе вообще
Оказывается, партнёрская лаборатория прислала файлы в формате PiQ, а в его лаборатории используется программа, которой требуется формат BAM, и переконвертировать можно только программой samtools, которая не работает в Windows.
Дома сын поставил Docker с Debian, а на работе для разнообразия WSL с Ubuntu. Сам поставил, сам настроил, сам освоил. Конечно, поминутно залезая в Сеть с вопросами, читая сайты и форумы, но ведь справился! И это юноша, который 20 лет пользовался виндой исключительно как игровой платформой, и 15 лет яростно сопротивлялся идее научиться программировать и администрировать.
Освоил
Два часа читал юноше лекции про
PS. А ещё он для развлечения поставил в WSL X Server,
PPS. Теперь получается, я в генетике меньше понимаю, чем сын в Linux!
bash надо дать команду export PATH=/usr/bin/samtools-1.9:$PATH. Я думал, export запоминает эту команду, и мне не надо будет её в новом терминале печатать. Короче, мне надоело, как мне сделать, чтобы терминал сразу открывался с этой настройкой?»Вот, думаю, какая непростая наука генетика, а вслух спрашиваю: «Зачем тебе вообще
bash?»Оказывается, партнёрская лаборатория прислала файлы в формате PiQ, а в его лаборатории используется программа, которой требуется формат BAM, и переконвертировать можно только программой samtools, которая не работает в Windows.
Дома сын поставил Docker с Debian, а на работе для разнообразия WSL с Ubuntu. Сам поставил, сам настроил, сам освоил. Конечно, поминутно залезая в Сеть с вопросами, читая сайты и форумы, но ведь справился! И это юноша, который 20 лет пользовался виндой исключительно как игровой платформой, и 15 лет яростно сопротивлялся идее научиться программировать и администрировать.
Освоил
apt, bash, gcc, git, nano, скачал все библиотеки, скомпилировал последнюю версию samtools 1.9. В Debian есть samtools 1.9, я так понимаю, в WSL старая версия Ubuntu, там нету.Два часа читал юноше лекции про
nano ~/.bash_profile, shell-скрипты, chmod u+x, сравнительные достоинства mcedit и nano, и прочие смежные области.PS. А ещё он для развлечения поставил в WSL X Server,
Compiz, и пытается запускать графические программы. Тоже всё сам.PPS. Теперь получается, я в генетике меньше понимаю, чем сын в Linux!
Проблема трёх чел
Sep. 10th, 2019 12:36 pmhttp://www.sci-news.com/othersciences/mathematics/sum-three-cubes-problem-number-42-07576.html
После 65 лет поисков решения The Ultimate Answer удалось разложить на сумму трёх кубов:
Найдено в polit.ru.
После 65 лет поисков решения The Ultimate Answer удалось разложить на сумму трёх кубов:
(-80538738812075974)3 + 804357581458175153 + 126021232973356313 = 42Найдено в polit.ru.
SpaceX: 60*Starlinks
May. 24th, 2019 02:12 pmМаск запустил свою кукурузину:
https://twitter.com/elonmusk/status/1131782173785116672
Все 60 спутников уже online.
https://twitter.com/elonmusk/status/1131782173785116672
Все 60 спутников уже online.
c Open Access l i t i o n S
Коалиция 11 европейский фондов научных грантов, включающая национальные фонды Британии, Голландии и Франции, а также Национальный Институт ядерной физики Италии, с общим фондом грантов в 8,8 миллиардов долларов, запретила получателям своих грантов публиковаться в журналах, не дающих немедленного открытого доступа к публикациям. Никаких больше 6- или 12-месячных задержек.
Под раздачу попадают тысячи журналов, включая самые известные — «Природа», «Наука», «Клетка», «Ланцет» и пр. Издательства, разумеется, недовольны и предсказуемо обещают конец науки.
Найдено на /.
Upd. Канада: https://thevarsity.ca/2018/09/22/explainer-open-access-in-science/
Вырубить собеседника
Aug. 3rd, 2018 04:58 pmЭксперименты показывают, что если человекообразный робот просит его не выключать — человек задумывается, а многие и отказываются выключить.
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0201581
When people are interacting with different media, they often behave as if they were interacting with another person and apply a wide range of social rules mindlessly. …“individuals’ interactions with computers, television, and new media are fundamentally social and natural, just like interactions in real life”… The presence of a few fundamental social cues, like interactivity, language, and filling a traditionally human role, is sufficient to elicit automatic and unconscious social reactions. Due to their social nature, people will rather make the mistake of treating something falsely as human than treating something falsely as non-human. Contextual cues trigger various social scripts, expectations, and labels. This way, attention is drawn to certain information, for example the interactivity and communicability of the computer and simultaneously withdrawn from certain other information, for example that a computer is not a social living being and cannot have any own feelings or thoughts…
The question arises how people respond to a situation with a robot to which they are not used to from interactions with other humans. Switching off your interaction partner is a completely new social situation because it is not possible with humans and the only equivalences that come to mind are killing or putting someone to sleep. Since most people never interacted with a humanoid robot before, especially never switched one off, they are confronted with an unusual social situation, which is hard to compare to something familiar.
Найдено на /.
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0201581
When people are interacting with different media, they often behave as if they were interacting with another person and apply a wide range of social rules mindlessly. …“individuals’ interactions with computers, television, and new media are fundamentally social and natural, just like interactions in real life”… The presence of a few fundamental social cues, like interactivity, language, and filling a traditionally human role, is sufficient to elicit automatic and unconscious social reactions. Due to their social nature, people will rather make the mistake of treating something falsely as human than treating something falsely as non-human. Contextual cues trigger various social scripts, expectations, and labels. This way, attention is drawn to certain information, for example the interactivity and communicability of the computer and simultaneously withdrawn from certain other information, for example that a computer is not a social living being and cannot have any own feelings or thoughts…
The question arises how people respond to a situation with a robot to which they are not used to from interactions with other humans. Switching off your interaction partner is a completely new social situation because it is not possible with humans and the only equivalences that come to mind are killing or putting someone to sleep. Since most people never interacted with a humanoid robot before, especially never switched one off, they are confronted with an unusual social situation, which is hard to compare to something familiar.
Найдено на /.
Сын в 1-ом меде защитил диплом на тему «Применение методов биоинформатики в медицине». В чём-то таком медицинском, что я даже воспроизвести не могу. Полгода преддипломной практики отработал в Институте экспериментальной кардиологии у научрука, который ищет нетоксичный ингибитор… ну тоже чего-то болезненного, для чего сейчас только лекарства с сильными побочными эффектами.
Теперь думает, куда пойти. В аспирантуру пойти, и если пойти, то куда — в свой университет (ха, даже не университет — академия!) или в свой институт. Или пойти работать. Для начала по специальности.
Проблема в том, что за 5 лет учёбы юноша совершенно разочаровался во всех специальностях, с которыми имел дело — биоинженерия, генетика, микробиология, химия, цитология — и теперь думает сменить курс кардинально. Начать работать про специальности, а потом плавно перетечь во что-то немедицинское.
По-хорошему после школы надо бы людям идти работать, и только потом выбирать, куда пойти учиться. Но куда пойдёшь работать сразу после школы, без образования и без малейшего опыта?
Теперь думает, куда пойти. В аспирантуру пойти, и если пойти, то куда — в свой университет (ха, даже не университет — академия!) или в свой институт. Или пойти работать. Для начала по специальности.
Проблема в том, что за 5 лет учёбы юноша совершенно разочаровался во всех специальностях, с которыми имел дело — биоинженерия, генетика, микробиология, химия, цитология — и теперь думает сменить курс кардинально. Начать работать про специальности, а потом плавно перетечь во что-то немедицинское.
По-хорошему после школы надо бы людям идти работать, и только потом выбирать, куда пойти учиться. Но куда пойдёшь работать сразу после школы, без образования и без малейшего опыта?
Чего мы (не) знаем о мировой науке
Jun. 27th, 2018 01:14 pmhttps://habr.com/post/359342/
Анализ мировой науки по логам скачивания со Sci-Hub.
Найдено в твитыре Флибусты.
Upd. https://indicator.ru/article/2018/07/12/intervyu-rffi-belyavskij-sci-hub/
Анализ мировой науки по логам скачивания со Sci-Hub.
Найдено в твитыре Флибусты.
Upd. https://indicator.ru/article/2018/07/12/intervyu-rffi-belyavskij-sci-hub/
http://zoom.cnews.ru/rnd/article/item/tsern_stal_blizhe_k_poisku_temnogo_fotona
Ученые ЦЕРНа на 25% сузили зону поиска темного фотона – частицы-посредника между нашим и потусторонним мирами.
Ученые ЦЕРНа на 25% сузили зону поиска темного фотона – частицы-посредника между нашим и потусторонним мирами.
