phd_ru: (Default)
[personal profile] phd_ru
Пришёл ко мне сын и задал вопрос, который я никак не ожидал от него услышать. «Пап», — говорит, — «вот я каждый раз открываю терминал и каждый раз мне в bash надо дать команду export PATH=/usr/bin/samtools-1.9:$PATH. Я думал, export запоминает эту команду, и мне не надо будет её в новом терминале печатать. Короче, мне надоело, как мне сделать, чтобы терминал сразу открывался с этой настройкой?»

Вот, думаю, какая непростая наука генетика, а вслух спрашиваю: «Зачем тебе вообще bash

Оказывается, партнёрская лаборатория прислала файлы в формате PiQ, а в его лаборатории используется программа, которой требуется формат BAM, и переконвертировать можно только программой samtools, которая не работает в Windows.

Дома сын поставил Docker с Debian, а на работе для разнообразия WSL с Ubuntu. Сам поставил, сам настроил, сам освоил. Конечно, поминутно залезая в Сеть с вопросами, читая сайты и форумы, но ведь справился! И это юноша, который 20 лет пользовался виндой исключительно как игровой платформой, и 15 лет яростно сопротивлялся идее научиться программировать и администрировать.

Освоил apt, bash, gcc, git, nano, скачал все библиотеки, скомпилировал последнюю версию samtools 1.9. В Debian есть samtools 1.9, я так понимаю, в WSL старая версия Ubuntu, там нету.

Два часа читал юноше лекции про nano ~/.bash_profile, shell-скрипты, chmod u+x, сравнительные достоинства mcedit и nano, и прочие смежные области.

PS. А ещё он для развлечения поставил в WSL X Server, Compiz, и пытается запускать графические программы. Тоже всё сам.

PPS. Теперь получается, я в генетике меньше понимаю, чем сын в Linux!

Date: 2019-09-13 06:16 am (UTC)
vitus_wagner: My photo 2005 (Default)
From: [personal profile] vitus_wagner
Срочно купи свежевышедшую книжку Ленки Клещенко, и ты сравняешь счет ;-)

May 2025

S M T W T F S
     123
4 5 678910
1112 13141516 17
1819202122 2324
25262728293031

Most Popular Tags

Page Summary

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated May. 30th, 2025 01:18 pm
Powered by Dreamwidth Studios
OSZAR »