Тяжёлые будни молодого генетика
Sep. 12th, 2019 08:52 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png)
Пришёл ко мне сын и задал вопрос, который я никак не ожидал от него услышать. «Пап», — говорит, — «вот я каждый раз открываю терминал и каждый раз мне в
Вот, думаю, какая непростая наука генетика, а вслух спрашиваю: «Зачем тебе вообще
Оказывается, партнёрская лаборатория прислала файлы в формате PiQ, а в его лаборатории используется программа, которой требуется формат BAM, и переконвертировать можно только программой samtools, которая не работает в Windows.
Дома сын поставил Docker с Debian, а на работе для разнообразия WSL с Ubuntu. Сам поставил, сам настроил, сам освоил. Конечно, поминутно залезая в Сеть с вопросами, читая сайты и форумы, но ведь справился! И это юноша, который 20 лет пользовался виндой исключительно как игровой платформой, и 15 лет яростно сопротивлялся идее научиться программировать и администрировать.
Освоил
Два часа читал юноше лекции про
PS. А ещё он для развлечения поставил в WSL X Server,
PPS. Теперь получается, я в генетике меньше понимаю, чем сын в Linux!
bash
надо дать команду export PATH=/usr/bin/samtools-1.9:$PATH
. Я думал, export
запоминает эту команду, и мне не надо будет её в новом терминале печатать. Короче, мне надоело, как мне сделать, чтобы терминал сразу открывался с этой настройкой?»Вот, думаю, какая непростая наука генетика, а вслух спрашиваю: «Зачем тебе вообще
bash
?»Оказывается, партнёрская лаборатория прислала файлы в формате PiQ, а в его лаборатории используется программа, которой требуется формат BAM, и переконвертировать можно только программой samtools, которая не работает в Windows.
Дома сын поставил Docker с Debian, а на работе для разнообразия WSL с Ubuntu. Сам поставил, сам настроил, сам освоил. Конечно, поминутно залезая в Сеть с вопросами, читая сайты и форумы, но ведь справился! И это юноша, который 20 лет пользовался виндой исключительно как игровой платформой, и 15 лет яростно сопротивлялся идее научиться программировать и администрировать.
Освоил
apt, bash, gcc, git, nano
, скачал все библиотеки, скомпилировал последнюю версию samtools 1.9
. В Debian есть samtools 1.9, я так понимаю, в WSL старая версия Ubuntu, там нету.Два часа читал юноше лекции про
nano ~/.bash_profile
, shell-скрипты, chmod u+x
, сравнительные достоинства mcedit
и nano
, и прочие смежные области.PS. А ещё он для развлечения поставил в WSL X Server,
Compiz
, и пытается запускать графические программы. Тоже всё сам.PPS. Теперь получается, я в генетике меньше понимаю, чем сын в Linux!
no subject
Date: 2019-09-13 06:16 am (UTC)no subject
Date: 2019-09-13 11:54 am (UTC)